Exaqua PRO3 umożliwia pomiar w zakresie 3 długości fal : 470 nm, 520 nm i 610 nm, natomiast Exaqua PRO6 w zakresie 6 długości fal: 430 nm, 470 nm, 520 nm, 560 nm, 610 nm i 650 nm.
Exaqua PRO3 pozwala wykonywać pomiary z zastosowaniem wszystkich dostępnych w ofercie Exaqua zestawów odczynników. Większa ilość długości fal dostępna w PRO6 potencjalnie daje użytkownikowi Exaqua możliwość wykonywania pomiarów dla większej ilości testów (parametrów). Przykładowo, niektóre metody zawarte w licencji H-methods wymagają zastosowania dodatkowych długości fal niż tych dostępnych w PRO3. PRO6 to również większa elastyczność w tworzeniu własnych metod w oparciu o własnoręcznie przygotowanie roztwory wzorcowe lub z użyciem odczynników innych firm.